:: Na configuração do módulo para o método de entrega é possível definir o "Serviço Para Entrega Gratuita" recurso que deve ser aplicado quando definido a ação de "Frete Grátis" nas "Regras da Promoção";
:: No backend do Magento, acesse o menu: Promoções -> Regras de Promoção -> Criar regra -> Crie uma regra e defina na aba "Ações" o uso do Frete Grátis;
:: Dessa forma na exibição do cálculo do frete será exibido para o serviço escolhido o valor zerado;
:: Esse recurso se trata de regra nativa do Magento caso tenha algum problema sugiro desativar todas as regras de promoção e ativar uma de cada vez até encontrar o motivo da ocorrência.